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1.1改善土壤養分供應狀況
菌肥主要通過各種菌劑促進土壤中難溶性養分的溶解、釋放。菌劑在代謝過程中釋放出大量的無機有機酸性物質，促進土壤中微量元素硅、鋁、鐵、鎂、鉬等的釋放及螯合，有效打破土壤板結，促進團粒結構的形成，使被土壤固定的無效肥料轉化成有效肥料，改善了土壤中養分的供應情況、通氣狀況及疏松程度。
1.2促進作物生長
菌肥的使用，促進了刺激素的產生，調節、促進作物的生長發育。菌劑的使用，可以促進赤霉素、生長素和其他活性物質的產生。
1.3增強作物抗病抗逆能力
菌肥中部分菌種具有分泌抗菌素和多種活性酶的功能，抑制或殺死致病真菌和細菌；大量的田間試驗證明，菌肥的應用可以降低病蟲害發生率及增強作物的抗逆性能。如對棉花黃枯萎病，稻瘟病，小麥的白粉病、莖腐病，蔬菜猝倒病、立枯病、青枯病等有一定的防治和抑制作用，大量實驗表明地恩地微生物菌劑可有效抑制某些種類線蟲病的發生。菌肥還有明顯的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗鹽堿的效果，增強作物的抗病性，從而有效預防作物生理性病害的發生。
1.4提高產量、改善品質
使用微生物肥料可以提高農產品中的維生素C、氨基酸和糖分的含量，有效降低硝酸鹽含量，使生產出來的農產品好吃又好看，賣個好價錢。可不同提高作物產量20-30％。
